Die IHL wurde im Jahr 2011 gegründet, vom Wissenschaftsrat der Bundesrepublik Deutschland institutionell akkreditiert und vom Land Baden-Württemberg staatlich anerkannt. Die IHL geht hervor aus dem „Theologischen Seminar der Liebenzeller Mission“ (ThSLM), das die theologische Ausbildungsstätte einer der großen Missionsgesellschaften in Europa ist: der Liebenzeller Mission (LM).